薩摩支配

琉球の直接支配は長続きしなかった。1603年に江戸幕府が開かれて日本が新時代に入ると、幕府は中国大陸の明と通航を考えるようになり、薩摩藩主島津忠恒に、琉球王国を討伐して明と通じることを許可した。1609年3月4日、島津軍3000名余りを乗せた軍船が薩摩の山川港を出帆した。3月8日に奄美大島へ上陸して制圧、3月22日に徳之島、3月24日に沖永良部島を軽々と攻略し、3月26日には沖縄本島北部の運天港に上陸、今帰仁城を落として首里城へ迫った。武器が国王によって一元管理されていた琉球は、鉄砲隊を主軸として戦国を生き残った島津軍の敵ではなく、尚寧は和睦を申し入れ開城した。島津軍は4月5日に首里城を接収し、4月半ばには薩摩に凱旋帰国した。
薩摩藩は、琉球王国から奄美の割譲（奄美は度々独立蜂起を起していた為、持て余されていた）を受けると、これを直轄地として1613年に総監を派遣し、支配した。しかし、表面上は琉球の領土とされ、中国や朝鮮からの難破船などに対応するため、引き続き王府の役人も派遣されていた。
住民にサトウキビ栽培を奨励したが、初期は緩やかな支配も、薩摩藩の財政悪化と共に、中・後期には搾取に変わり過酷に為っていった。薩摩は幕府や商人に、サトウキビから取れる黒砂糖を専売することで冨を手にしていたが、黒砂糖ばかり作らされた住民は、ひとたび作物の不作が起こると、即座に飢饉に結びつくような有様だった。主食はサツマイモだったが、飢饉のときはソテツの実を毒抜きして食べていたという。
この苦しい生活を紛らわしたのは、サトウキビでできる黒糖酒や沖縄から購入した泡盛（「セエ」と呼ばれた、黒糖焼酎はまだ生れていない）と、三線に合わせて歌う島唄であった。セエは嗜好品として評判となり、密造酒が多数作られたが、黒砂糖の収穫が減ると困る薩摩藩が、これを取り締まらなければならないほどだった。島唄は琉球とは違った響きを持つようになり、現在でも受け継がれている。また、本国から離れたこの地は、流刑地に丁度良く、罪人が送られていたが、流罪は主に政治犯だったりしたので、博学の彼等は住民に受け入れられた。幕末には西郷隆盛も流人生活を送り、島の女性と結婚して子供ももうけた。

この時期から太平洋戦争終了までを、「大和世（やまとんゆ）」とも呼ぶ。

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