哺乳類
アマミノクロウサギ　絶滅危惧IB類
ケナガネズミ　絶滅危惧IB類
アマミトゲネズミ 絶滅危惧IB類
オリイジネズミ　絶滅危惧IB類
リュウキュウイノシシ

両生類
アマミハナサキガエル　絶滅危惧[2]類
イシカワガエル　絶滅危惧[1]B類
　（沖縄県指定天然記念物）
オットンガエル　絶滅危惧[2]類

爬虫類
イボイモリ　絶滅危惧[2]類
　（沖縄県指定天然記念物）
キノボリトカゲ　絶滅危惧[2]類
バーバートカゲ　絶滅危惧[2]類
オビトカゲモドキ（徳之島）絶滅危惧[1]B類
ハブ
ヒャン　準絶滅危惧
ハイ（徳之島）　準絶滅危惧
アマミタカチホヘビ　準絶滅危惧

魚類
リュウキュウアユ　絶滅危惧IA類（CR）

※国の特別天然記念物

※国の天然記念物

鳥類
ルリカケス　絶滅危惧II類
アマミヤマシギ　絶滅危惧IB類
オーストンオオアカゲラ　絶滅危惧IB類
オオトラツグミ　絶滅危惧IA類
アカヒゲ
カラスバト　準絶滅危惧
ズアカアオバト
リュウキュウツバメ
リュウキュウヨシゴイ
リュウキュウコノハズク
ミフウズラ
アマミコゲラ　絶滅危惧II類

昆虫類
ウケジママルバネクワガタ
　（瀬戸内町指定天然記念物）
エグリタマミズムシ　絶滅危惧種
ベニツチカメムシ　希少種
アカボシゴマダラ　希少種　
ハグルマヤママユ　希少種
リュウキュウルリモントンボ　希少種
リュウキュウトゲオトンボ　希少種
リュウキュウハグロトンボ　希少種
リュウキュウトンボ　希少種